ファースト・シーズンの最終話。少女が殺され、彼女の双子の姉妹が誘拐される。リズボン捜査官は、その事件に連続殺人犯のレッド・ジョンが関わっていること、そして彼がジェーンを罠に陥れようとしていることを知り、あらためて戦慄を覚えるのだった…。
ジェーンは、証人保護プログラムの下にいる問題を抱えた子供たちと打ち解ける。だが、仲間が死んだ時、本当は何が起きていたのかを聞き出そうとすると、彼らは堅く口を閉ざしてしまう。そこでジェーンは、ある物語を話し始める。
一人の資産家が自分のヨットで殺される。彼はソフトウエア会社のCEOで、ガールフレンドは精神分析医だ。ジェーンは、事件の真相を導き出すために、容疑者同士を戦わせようとするが、そこで驚くべき事実に直面する。
ジェーンとCBIのメンバーたちは、あるギャングの殺害事件について調査を始めるが、殺されたギャングが証人保護プログラムの下にいたことから、事態は思わぬ方向に展開する。ジェーンは、何とかしてギャングのボスから話を聞き出そうとするが…。
ジェーンとCBIのメンバーたちは、ハリウッドへ向かう。元カリフォルニア州議会の議員が殺害されたからだ。殺された男は、女優である妻のために映画に出資しようとしていたらしく、さらに麻薬取引と関係していた可能性が出てくる。
ジェーンとCBIのメンバーたちは、ある人物を追跡し、捕らえようと奔走する。彼は、人々に催眠術をかけ自分の命令を実行させる恐ろしい人物なのだ。しかもその命令というのは、殺人だった…。
シエラネバダの丘陵地帯にある企業の保養所で、連続殺人事件が起き、CBIが捜査に乗り出す。ジェーンはそこで、欲望と裏切りにまみれたアメリカの実業界を目の当たりにし、彼らと立ち向かうことになる。
ジェーンは爆破事件に巻き込まれ、一時的に視力を失ってしまう。爆破の犯人と、ある殺人犯を追う彼は、視力以外の感覚だけに頼ることを余儀なくされる。だが、犯人が本当に狙っているのは意外な人物だった…。
ジェーンとCBIのメンバーたちは、あるカントリークラブの"女王様"殺人事件を捜査する。彼女は、自宅で開いたカクテルパーティーで毒殺されたのだが、捜査が進むにつれ、彼らは、カントリークラブがいかに秘密に満ちていたかを思い知る。
CBI捜査官のチョウが、ナンパの名人であり偽メンタリストでもある殺人犯を捕まえようとする。チョウは、甘い言葉を女性にささやく色男に見事になりすまし、ジェーンの助けも借りて、おとり捜査に乗り出すのだが…
5000万ドルの絵画が盗まれる。そして、絵画があった場所では、その絵画の所有者である石油王の義理の息子にあたる男が遺体で発見される。ジェーンが事件を捜査していくにつれて、その絵画にまつわる不可解な事実が次々と明らかになる。
高校フットボールのスター選手が殺害される。そして、以前飼っている猫を彼に殺されたという近所の"自称 魔女"に殺人の容疑がかかる。だが、ジェーンは犯人が他にいると考え、ある罠を仕掛けて真相を探ろうとする。
有罪判決を受けたある殺人犯が、自分の無実を証明してくれたら、レッド・ジョンに関する情報を提供すると言う。ジェーンは、その情報を得たいがために、単独捜査に乗り出した上、CBIをやめようとするが…。
著名な科学研究者が毒殺される。第一容疑者が研究者の妻だということ、そして彼女がかつて、ジェーンの担当精神科医だったということを知り、ジェーンは、この事件に対して個人的な興味を抱く。
小さな農業の町で、放火による殺人事件が起きる。そして、ジェーンとCBIのメンバーの調査によって、過去の放火事件にも共通点がいくつかあることが明らかになっていく。ジェーンたちは、そこで小さな町の人間関係を知っていくのだった…。
重要証人として法廷に招集されていたあるドラッグ・ディーラーと彼のガールフレンドが殺害される。ジェーンは、この事件の容疑者と動機について、警察とは違う見解を持っているが、真相を追求していくにつれて、驚くべき事実が明らかになっていく…。
ジェーンは、自称"霊能者"に、殺人の疑いをかけている。彼は、その霊能者が詐欺師であり殺人犯でもあることを証明するために降霊会を開き、正面からぶつかり合う。だが果たしてジェーンの推測は当たっているのだろうか?
カジノのオーナーが殺される。捜査のため、そのカジノに乗り込んでいくジェーン。彼は、真相を突き止めるために、得意の読心術を使って犯人を罠に掛けようとする。そして、トランプの賭けで大儲けするという幸運にも恵まれるのだが…。
殺人事件の現場付近に、被害者の親友が現れる。彼女は血だらけであるばかりか、凶器を持っているため、明らかな容疑者と見なされるが、記憶を失っている。彼女が無罪であると判断したジェーンは、ある危険な策を講じるのだが…。
裕福な投資銀行家が殺されているのが、鍵の掛かった隠し部屋で発見される。捜査を進めるうちに、その銀行家が二重生活をしていたことや、クライアントから多額の金を集めていたことが発覚し、事件は意外な方向へと展開していく。
女子高生の遺体が海岸に打ち上げられる。事件の手掛かりを握るのは彼女のサーファー仲間ではないかと察したジェーンは、彼らから巧みに話を聞き出していくが、しだいに驚くべき真実が明らかになっていく。
ナパバレーのレストランで、若いウエートレスが殺され、CBIのリズボンと彼女が率いるチームのメンバーたちが、調査に乗り出す。だがジェーンは、新人捜査官のバン・ペルトを使い、独自のおとり捜査を密かに始めるのだった。
パトリック・ジェーンと上級捜査官のテレサ・リズボンが率いるCBIの捜査チームが、パームスプリングスで起きた殺人事件を解決しようと奔走する。殺人現場にはあるマークが残されているが、それはジェーンの過去に深く関わる殺人鬼のものだった。
