ゼイビアックスとの戦いを終え、普通の生活に戻ったマヤは自らの体験とライダーたちの活躍を本にまとめていた。ベンタラと地球に平和をもたらした仮面ライダーたちは次なる戦いの舞台へ。そしてキットは再び、ドラゴンナイトとして戦い続ける決意を新たにするのであった!
マヤとトレントの活躍で、ゼイビアックスの居城への侵入に成功したライダーたち。ユーブロンも前線に立って戦うが、ゼイビアックスの力は彼らを圧倒していた。転送機を破壊し、侵略者を倒すことができる最後の切り札は"リンクベント"、そして13人の仮面ライダー!!
ゼイビアックスの転送機が復活し、ついにその発動が間近になった。ユーブロンはキットやレン、そしてアダムたちに命じて、最後の作戦を決行する。ライダーたちの前に立ちはだかる無敵のモンスター。彼らはこのピンチをくぐり抜け、ゼイビアックスの居城に辿り着くことができるのか?
アダムとレンが出撃するもマヤはアダムの中に邪悪なものを感じていた…・・・。その予感は的中し、レンはアダムの不意打ちをくらう! 激突するアダムとレン。サラを守るため、ただそれだけのために戦うアダムを前に、レンは覚悟を決める。アダムは最後の一撃を振るうのか?
キットとアダム。ふたりはお互いに心を開きかけていた。そんなキットの言葉に自らの行為を顧みて悩むアダム。彼の裏切りを懸念したゼイビアックスはユーブロンに化け、一計を案じる。次々と転送機を撃破し、喜びの中にいたキットやレンたちだったが、そんな中アダムだけが……。
ユーブロンに許され、レンたちのもとへ戻ってきたアダム。全てはゼイビアックスの狙い通りに動いていた。しかしキットはアダムを信じることができず、疑惑を捨てられないでいた。そんなとき、敵の待ち伏せを受け、ハントが怪我を負ってしまう。
レン、チャンス、プライスの前に突如あらわれたオニキス! その正体はユーブロンの手によって復活したキットだった。そんな喜びの中、ひとりで戦うマヤのピンチに駆けつけるアダム。マヤは彼を信じるがキットはレンと同様、彼を信じられず……。ふたりの龍の戦士がぶつかり合うことに!
アダムと再会したレン。だが簡単にはアダムを信じることができなかった。一方、ユーブロンはかつてベントされたベンタラのライダー、チャンス、プライス、ハントを復活させ、全世界規模で展開するゼイビアックスの企みに備える。だがゼイビアックスはアダムを潜入させ、彼らを混乱させようとしていた。
テレポート装置が完成し、ゼイビアックスの侵略計画は次の段階へ。さらにかつての裏切り者、ベンタラのドラゴンナイトであるアダムを仲間に引き入れていた。その頃、レンは秘密組織ノーマンの手引きで、アドベントマスター=ユーブロンと再会。マヤもライダーへの変身能力を得て、反撃の準備を整えてい […]
ケイスから受け取ったサバイブのカードでサバイブモードの力を得たキットとレン。レンが新たな力でストライクを倒すも、ラスに捨て身の攻撃を仕掛けたキットはベントされてしまう! 信頼を寄せる仲間を失い、残ったライダーはレンひとり……しかし絶望の中に、かすかな希望が!
レンからデッキを奪ったJTCは3匹のモンスターを操り、ラスとなったゼイビアックスは圧倒的な力で、キットとレンをベント寸前まで追い詰めていく。ふたりのピンチにケイスが立ちはだかるが……。悲しい結末がレンを衝撃で包み、彼はゼイビアックスへの復讐に燃える!
キット、レン、ケイス、マヤ、トレント、レイシーはひとつの大きな事件を乗り越え、共に戦う仲間となった。そしてベントされてしまったクリスのことなど、これまでの戦いに思いを馳せる……。だが、ゼイビアックスも黙ってはいなかった。JTCに新たな力を授けようとしていたのだ。
一瞬の隙を突き、ノーマン本部から脱出したキット。その混乱の中、レン、ケイス、マヤはノーマン本部に忍び込む。その頃、逃げのびたキットの前にゼイビアックスとJTCがあらわれ、彼をベントしようとする! 一方的に攻撃されるキットのもとへ3人は間に合うのか?
マヤはミシェルから秘密組織=ノーマンの真相を聞かされるが、それでも諦めきれず、キットを助け出そうとトレントに相談する。一方、レンとケイスも独自に捜査を始めていたが、そこへゼイビアックスとJTCが襲いかかる。彼らはキットを助け出すことができるのか?
仮面ライダーラス=ヴィックは意識を奪われ、ゼイビアックスの傀儡となっていた。一方、キットが秘密組織に狙われていることを知ったマヤは彼になんとか連絡を取ろうとするが、時すでに遅く、キットは拉致されてしまう。そしてゼイビアックスはJTCと共にグレース堂書店を襲撃する!
心の隙を見透かされたようにオニキスの幻影に悩むキット。そこへダニーが襲いかかるが、彼はゼイビアックスの命令を破ったとしてストライクによってベントされてしまう……。レンとケイスはキットの悩みと決意を知り、彼を改めて真の仮面ライダーと認める。
キットを襲った黒いドラゴンナイト=オニキス。すべてにおいてドラゴンナイトを圧倒する力を見せるが、すべては夢だった。キットはミシェルに同行を求められるも、それを断り、父のもとで悩みを打ち明ける。とそこへゼイビアックスが現れ、父を助けたければレンを倒せと言う……。
セイレーンは、ゼイビアックスの攻撃から辛うじて生き延びたベンタラの仮面ライダーだった。彼女はキットを信頼するレンとは裏腹に彼を子供扱いする。その頃、ミシェルはマヤから盗んだ仮面ライダーに関する情報をある政府の秘密組織に預けていた。そしてキットへの復讐心を捨てきれないダニーにJTC […]
初めてライダーをベントしたことでキットは仮面ライダーの戦いの現実を知り、思い悩んでいた。一方、弟をベントされたことで復讐に燃えるダニーは、ゼイビアックスの命令を無視し、キットに攻撃を仕掛ける。そこへ新たな仮面ライダー、セイレーンがあらわれた。彼女の正体は?
JTCの情報でフランクがゼイビアックスにさらわれたことを知ったキット。罠だと知りながらもマヤと共に救出に向かった先で、彼らはJTCの真の姿を目の当たりにする。アックスとスピアーも加わった3対1の不利な状況の中で、キットはスピアーにファイナルベントを仕掛ける……。
キットとレンは、クリスのことは自分に原因があると後悔し、心乱れていた。そんな中、マヤの元上司のミシェルがレイシーに近づき、ライダーたちの秘密を探ろうとしていた。一方、マヤのもとへJTCからキットの父親が見つかったと連絡が入る。焦るキットは……。
JTCの誘惑を「仲間は裏切らない」という海兵隊魂ではね除けるクリス。一方、キットの父が病院からさらわれ、それがストライクの仕業だと知ったキットたち。そこへチョウ兄弟があらわれる。五人が戦い合う中、キットはアックスを前にファイナルベントを放とうとするが……。
仮面ライダーアックスとスピアーに変身するチョウ兄弟を引き入れたゼイビアックス。JTCは二人にレンを襲わせるが、彼の強さの前に二人がかりでも歯が立たなかった。一方、キットたちの友情に支えられながらも、身体の限界に気付きはじめたクリスは無茶な戦いをし始めていた。
自分が足手まといだと感じるクリス。だがレンは三人の力こそが必要だと、彼を説得、チームとして迎え入れ、再び結束する。その頃、ゼイビアックスは新たなライダーとして迎えるべく、チョウ兄弟に接近していた。そしてJTCはマヤを通じて、キットたちと会う約束をするが……。
塞ぎがちのクリスのことをマヤに任せたキットとレンは、新たな仮面ライダーを捜すべく、マヤから聞いたJTCに接触を試みる。トレントの助けもあり、ようやく居場所を探し出したが、そこにいたのはモンスターだった。その頃、クリスの前にストライクがあらわれ、彼に襲いかかる!
大きな戦いを切り抜け、キットとレン、クリス、マヤは新たな友情で結ばれていた。彼らは各々、自分たちのことについて語っていく。キットの父のこと、仮面ライダーになったきっかけ、これまでの戦いを……。そこでキットたちはクリスの持病について知ることになる。
