ナポリ王女と結婚して王子となったホフレが身重の妻とともにロドリーゴを訪問し、久々に兄弟全員が顔を合わせる。ルクレツィア、ホアン、そしてチェーザレの運命は…。
スペインの出兵により敗北したフランス軍はナポリから撤退、空位となったナポリ王にホアンを推すロドリーゴに枢機卿たちは反発する。一方、救いを求めて修道院に身を寄せたルクレツィアは…。
駆け引きの末ローマを撤退したフランスのシャルル8世は、捕虜としたチェーザレとジェームを連れてナポリに向かう。その頃ローマでは、ホアンの妻マリアが夫の浮気と暴力に追いつめられ…。
フランス軍によるローマ陥落は時間の問題だった。そんな中、愛人ジュリアが子どもを出産し、ロドリーゴは歓喜する。一方、宿敵マルコアントニオ・コロンナに囚われたチェーザレは…。
フランスのシャルル8世の大軍がイタリアの目前へと迫り、有力者は次々とフランス側の味方に。窮地に立たされたロドリーゴはシャルル8世のローマ入りに備え、ホアンに兵を揃えさせ…。
ローマを離れたローヴェレがオスティア経由でフランスに渡ると考えたロドリーゴは、ホアンに軍を率いてオスティアの要塞を攻めるよう命令。一方、ルクレツィアは念願だった結婚を許されるが…。
宿敵ローヴェレ枢機卿の陰謀を察知したロドリーゴは、諸国との絆を深めるためにホアンをスペイン王室と、ホフレをナポリ王室と婚姻させる。見せかけの結婚を強いられたルクレツィアは…。
コンクラーベ(教皇選)で教皇に選出されたロドリーゴは、カトリック教会の再建と改革を掲げ強硬手段に出る。ホアンが出世し、ルクレツィアに結婚話が持ち上がる中、チェーザレは焦り…。
コンクラーベ(教皇選)は長期化の様相を呈し、枢機卿たちには疲労の色が見え始めていた。投票で未だ劣勢のロドリーゴは、票集めに策略を巡らす。一方、修道院にいるルクレツィアは…。
コンクラーベ(教皇選)のためロドリーゴは身辺整理を始め、病床のルクレツィアは修道院へ、愛人ジュリアは夫の元へ送られた。チェーザレもピサの神学校へと戻り、愛人の元を訪ねるが…。
ローマに蔓延している熱病に冒された教皇。枢機卿たちは最悪の事態に備え、コンクラーベ(教皇選)の準備を始める。一方、チェーザレは宿敵コロンナ家と争いを起こし…。
1492年、ローマ。ボルジア家当主でカトリック教皇庁枢機卿ロドリーゴは、後継者の長男が殺されたという知らせを受けて一族の将来を案じ、元愛人との間に出来た息子たちを呼び寄せ…。
