幕引きの時が近づく。すべてを終わらせる覚悟を決め、動きだすウォルター。彼がやり残したこととは?
名前を変え、人里離れた山小屋に身を隠しながら、孤独な日々に耐えているウォルター。一方、ジャックたちに監禁されているジェシーは脱走を企てるのだが…
ウォルターは逃亡を余儀なくされ、ジェシーはトッドたちに監禁されてしまう。スカイラーは、フリンに真実を話すことを決意する。
ジェシーとハンクは、ウォルターを捕まえるためにある作戦を立てる。ウォルターは、トッドの叔父にジェシー殺害を依頼する。
ウォルターは、ジェシーが家に押し入り、火をつけようとしていたことを知る。ウォルターは家族を守るため、少しの間ホテルに避難することに。ジェシーは、ウォルターを逮捕するためにハンクと手を組むことにする。
ウォルターはハンクの動きを封じるため、ある手段をとって、彼を窮地に陥れる。ハンクはジェシーと会い、寝返るよう説得する。そしてジェシーはウォルターと決別する時が来たと覚悟を決める。一方、トッドはメス・ビジネスを引き継いでいた。
ウォルター逮捕に執念を燃やすハンク。一方、ウォルターは、ハンクに突き止められる前に、証拠を隠そうと奔走する。ハンクとマリーは子供たちを引き取ろうとするが、スカイラーがそれを阻止する。
メス・ビジネスから手を引き、普通の生活に戻ろうとするウォルター。しかし、ジェシーが大金をバラまいてしまう。ハンクは、ウォルターこそが悪名高いハイゼンベルクだという真相に行き当たるのだが…。
ウォルターは、DEAの調査から逃れるため、ガスのドラッグビジネスと自分を繋ぎうる者を皆排除していく。リディアと組んだ海外展開により利益が跳ね上がる。
ウォルターが、大量のメチルアミンを誰にも渡さずにビジネスをさらに拡大するという、大胆な計画を思いつく。一方、DEAの捜査が一気にマイクへと近づき。。。
マイクとジェシーはドラッグビジネスから足を洗おうと提案する。決死の列車強盗で手に入れた大量のメチルアミンを競合に売り飛ばし、その金で引退しようというのだ。しかし、ウォルターは合意しない。
メス精製のために新しい原料供給元が必要になったウォルター、ジェシー、マイクの3人は大胆な案を考え出す。スカイラーは、子供たちをマリーの家に移す、という条件でビジネスへの協力を約束する。
メス精製の原料となる薬品をガス・フリングへ供給していたドイツ系食品会社にDEAが詰め寄る。危険を案じ子供たちをマリーの家に移すというスカイラーの計画を、ウォルターは阻止しようとする。
新しいラボを立ち上げるため入念に計画をたてるウォルターだったが、新パートナーとなったマイクに利用されているのではないかと気を揉む。
ガス・フリングとつながる証拠を全て始末したウォルターとジェシーは、ドラッグビジネスを再開するためマイクに協力を依頼する。ガスへ化学薬品を供給していたドイツの食品会社に捜査の手が近づく。マイクはビジネスが暴露されないよう必要なある手段をとる。
ガス・フリング殺しの後始末にウォルターが奔走する一方、ハンクはガスが築いたドラッグビジネスの調査をまとめ始める。
